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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
Data corrente: |
24/09/2014 |
Data da última atualização: |
24/09/2014 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S. |
Afiliação: |
MARIO LUIZ PICCOLI, UFRGS; JOSÉ BRACINNI NETO, UFRGS; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL; M. SARGOLZAEI, University of Guelph; FLÁVIO S. SCHENKEL, University of Guelph. |
Título: |
Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. |
Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of 0.977, with 93.3% of the animals imputed with a concordance rate above 0.95. The concordance rates for the other SNP panels were 0.872, 0.952, 0.957 and 0.958 for 3K, 6K, 8K and 20K SNP panel, respectively. Therefore, in the Braford/Hereford population considered in this study, all the alternative panels denser than 3K could be used for imputing to the 50K SNP panel with an overall high imputation accuracy. However, the best results were obtained with the customized 15K SNP instead of the alternative commercial panels. The use of Nellore sire genotypes and pedigree information did not increase accuracy of imputation in this population. |
Palavras-Chave: |
Seleção genômica. |
Thesagro: |
Gado de corte. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/109000/1/Piccoli-et-al.pdf
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Marc: |
LEADER 02096nam a2200193 a 4500 001 1995739 005 2014-09-24 008 2014 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aPICCOLI, M. L. 245 $aAccuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle.$h[electronic resource] 260 $aIn: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS$c2014 300 $c1 CD-ROM. 520 $aThe main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of 0.977, with 93.3% of the animals imputed with a concordance rate above 0.95. The concordance rates for the other SNP panels were 0.872, 0.952, 0.957 and 0.958 for 3K, 6K, 8K and 20K SNP panel, respectively. Therefore, in the Braford/Hereford population considered in this study, all the alternative panels denser than 3K could be used for imputing to the 50K SNP panel with an overall high imputation accuracy. However, the best results were obtained with the customized 15K SNP instead of the alternative commercial panels. The use of Nellore sire genotypes and pedigree information did not increase accuracy of imputation in this population. 650 $aGado de corte 653 $aSeleção genômica 700 1 $aBRACINNI NETO, J. 700 1 $aCARDOSO, F. F. 700 1 $aSARGOLZAEI, M. 700 1 $aSCHENKEL, F. S.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Registros recuperados : 22 | |
1. | | PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S. Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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4. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P. Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.20.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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5. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Associações genômicas para perímetro escrotal ao desmame em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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6. | | GROSSI, D. A.; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; PAZ, C. C. P.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. Association of polymorphisms in the IGF1, GH and PIT1 genes with growth and reproductive traits in Canchim cattle In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9., 2010, Leipzig. Proceedings... Leipzig: German Society fo Animal Science, 2010. 1 CD-ROMTipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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7. | | PICCOLI, M. L.; BRITO, L. F.; BRACCINI, J.; BRITO, F. V.; CARDOSO, F. F.; COBUCI, J. A.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S. A comprehensive comparison between single- and two-step GBLUP methods in a simulated beef cattle population. Canadian Journal of Animal Science, v. 98, n. 3, p. 565-575, Sept. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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8. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P. Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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9. | | GROSSI, D. do; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; PAZ, C. C. P. de; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; SCHENKEL, F. S.; MUNARI, D. P. Allele substitution effects of IGF1, GH and PIT1 markers on estimated breeding values for weight and reproduction traits in Canchim beef cattle. Livestock Science, v. 180, p. 78-83, oct. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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10. | | CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; SAVEGNAGO, R. P.; NASCIMENTO, G. B.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL. F. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Association of the adiponectin receptor 1 gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. In: REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51, 2014, Barra dos Coqueiros. Anais ... Barra dos Coqueiros: SBZ, 2014. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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11. | | CRUZ, V. A. R. da; SCHENKEL, F. S.; SAVEGNAGO, R. P.; GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; SARGOZAEL, M.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of apolipoprotein B and adiponectin receptor 1 genes with carcass, bone integrity and performance traits in a paternal broiler Line. Plos One, v. 10, n.8, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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12. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings...Vancouver: WCGALP: Amarican Society of Animal Science, 2014.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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13. | | GROSSI, D. do A.; BUZANSKAS, M. E.; GRUPIONI, N. V.; PAZ, C. C. P. de; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; SCHENKEL, F. S.; MUNARI, S. P. Effect of IGF1, GH, and PIT1 markers on the genetic parameters of growth and reproduction traits in Canchim cattle. Molecular Biology Report, v. 42, n. 1, p. 245-251, jan. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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14. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle BMC Genetics, v. 16, p. 99, 2015. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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15. | | NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Genetics Selection Evolution, v. 46, article 17, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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16. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; SANTOS, D. J. A.; BERNARDES, P. A.; SILVA, T. B. R.; MUDADU, M. A.; REGITANO, L. C. A.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M.; MUNARI, D. P. Admixture analysis in Brazillian synthetic cattle. In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA: ASAS, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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17. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C. O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Plos One, v. 9, n. 4, e94802 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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18. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, article 52, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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19. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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20. | | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, p. 1-10, 2017. Artigo 67. Na publicação: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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